La paroisse Sainte-Marguerite fut érigée en 1288 par l'évêque de Tournai, Michel de Warenghien. Les travaux de construction avancèrent lentement. Commencés au 13e siècle, ils se poursuivent encore au milieu du 14e siècle par la construction de la tour. Incendiée en 1723, on ne conserve de l'ancienne église que la puissante tour. A l'intérieur, on remarquera une chair de vérité du 19e siècle. Sous Louis XIV, la paroisse fut supprimée, et l'église, la maison pastorale ainsi que ses dépendances furent cédées aux chanoines réguliers de Saint-Nicolas-des-Prés qui en firent leur abbaye. L'église Sainte-Marguerite est la seule église abbatiale que Tournai ait conservée.

Lorsqu'on lui fait face, la maison située sur son flanc droit est la plus petite maison de Tournai.

L’église fait actuellement l’objet d’importants travaux par un investisseur privé.

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